在特别行政区内实行的制度由谁制定？

特别行政区内实行的制度制定主体有着明确的法律规定。特别行政区是根据宪法规定，在中华人民共和国行政区域范围内设立的，享有特殊法律地位、实行资本主义制度和资本主义生活方式的地方行政区域。

根据《中华人民共和国宪法》第三十一条规定：“国家在必要时得设立特别行政区。在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。”这表明，对于特别行政区内实行的制度，其制定权在于全国人民代表大会。

以香港特别行政区和澳门特别行政区为例，全国人民代表大会分别制定了《中华人民共和国香港特别行政区基本法》和《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》。这两部基本法就是特别行政区制度的重要法律依据，它们规定了特别行政区实行的政治、经济、社会等各方面的制度。全国人民代表大会通过制定基本法这种法律形式，来保障特别行政区制度既符合国家整体利益，又能适应特别行政区的实际情况，确保特别行政区的高度自治和长期繁荣稳定。所以，特别行政区实行的制度是由全国人民代表大会来制定的。