特别行政区基本法的机关是什么？

特别行政区基本法是特别行政区的宪制性法律，依据它设立并运行着一系列重要机关。

首先是行政机关，以香港特别行政区为例，香港特别行政区政府就是其行政机关。它负责执行特别行政区基本法和依照基本法适用于特别行政区的其他法律，制定并执行政策，管理各项行政事务等。根据《中华人民共和国香港特别行政区基本法》规定，香港特别行政区政府设政务司、财政司、律政司和各局、处、署，各司其职开展行政工作。

立法机关方面，香港有香港特别行政区立法会。立法会的主要职能是根据基本法规定并依照法定程序制定、修改和废除法律；审核、通过财政预算；批准税收和公共开支等。《中华人民共和国香港特别行政区基本法》对立法会的组成、产生办法、职权等都做了详细规定，确保其在法治轨道上进行立法等工作。

司法机关，香港特别行政区各级法院是其司法机关，行使香港特别行政区的审判权。香港特别行政区终审法院为最高审级，享有终审权。依据《中华人民共和国香港特别行政区基本法》，法院独立进行审判，不受任何干涉，以确保司法公正和法律的正确实施。澳门特别行政区也有类似的行政、立法和司法机关设置，同样依据《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》开展工作，共同保障特别行政区的法治和社会稳定。