公司以员工在厕所抽烟为由将其开除，这种做法合法吗？

公司以员工在厕所抽烟为由将其开除，这种做法是否合法，需要根据具体情况来判断。

首先，从公司规章制度角度来看，很多公司会规定办公区域禁止吸烟。如果公司有明确且合理的规章制度，规定了在公司内特定场所（包括厕所）禁止吸烟，并且该规章制度是通过合法程序制定，比如经过民主程序制定且向员工公示或告知过，那么员工在厕所抽烟的行为确实违反了公司规章制度。

然而，即便员工违反了公司规章制度，也需要看该违规行为是否达到“严重违反”的程度。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但对于“严重违反”的认定，法律并没有明确统一的标准，一般需要综合多方面因素考量，比如公司是否有专门的吸烟区域、员工抽烟行为是否对其他员工或公司运营造成重大影响等。

在实际案例中，如安徽省宣城市宣州区人民法院审结的一起类似劳动争议案件，公司以员工在厕所抽烟严重违反规章制度为由开除员工并“罚款”，法院认定公司提交的证据不足以证明员工行为属于严重违反公司规章制度的行为，公司单方解除劳动合同不符合法律规定，应支付员工经济补偿金。

所以，公司仅以员工在厕所抽烟为由就将其开除，若不能充分证明该行为属于严重违反规章制度，是不合法的。