公司少交了公积金但扣款已扣除该怎么办？

当遇到公司少交了公积金但却按规定扣除了款项的情况，这涉及到职工的合法权益保障问题，以下为您详细分析及提供应对办法。

首先，公积金是指住房公积金，它是一种长期住房储金，由职工和单位共同缴存，目的是帮助职工解决住房问题。公司按照规定从职工工资中扣除公积金款项后，就有义务足额为职工缴纳到公积金账户。

从法律依据来看，根据《住房公积金管理条例》的规定，单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。如果单位违反规定，逾期不缴或者少缴住房公积金的，由住房公积金管理中心责令限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。

当发现公司存在少交公积金但已扣款的情况时，您可以采取以下步骤来维护自己的权益。第一步，与公司进行沟通。您可以先向公司的人力资源部门或者财务部门了解情况，询问少交公积金的原因，要求公司按照规定足额补缴。在沟通时，要注意保留好相关的聊天记录、通话录音等证据。

第二步，如果与公司沟通后问题仍未得到解决，您可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉。投诉时，需要提供相关的证据，如工资条、公积金扣款记录、公积金账户明细等，以证明公司存在少交公积金的情况。住房公积金管理中心会对您的投诉进行调查核实，并根据调查结果采取相应的措施。

第三步，如果住房公积金管理中心的处理结果您不满意，或者公司仍然拒不补缴公积金，您可以考虑通过法律途径解决。您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。在仲裁或者诉讼过程中，要提供充分的证据来支持自己的主张。