公司以员工使用软件为由扣工资合法吗？

首先，我们来谈谈工资的性质和公司扣工资的相关法律规定。工资是劳动者通过付出劳动所获得的报酬，受到法律的严格保护。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里所说的克扣，指的是用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资。

那么公司以员工使用软件为由扣工资，是否属于无正当理由呢？这需要分情况来看。如果公司在规章制度中明确规定，禁止员工使用特定的软件，并且该规章制度是通过合法程序制定，即经过了民主程序（例如职工代表大会讨论等），内容也不违反法律法规的强制性规定，同时公司也已经将该规章制度告知了员工，在这种情况下，员工明知规定却违反使用了软件，公司按照规章制度进行扣工资的操作，有可能被认定为合理。

然而，如果公司没有相关的规章制度，或者规章制度的制定程序不合法，又或者没有将禁止使用软件的规定告知员工，那么公司以使用软件为由扣工资就属于无故克扣工资，是不合法的行为。员工遇到这种情况，可以先与公司进行协商，要求公司说明扣工资的依据，并返还克扣的工资。如果协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位进行监督检查，责令其改正违法行为。员工也可以申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。