工作合同底薪5000实际发4500是否合法？

首先，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。合同中约定的工资条款，对双方都具有法律约束力。在这个问题中，合同明确规定底薪为5000元，而实际发放4500元，这可能涉及用人单位是否存在合法扣除工资的情形。

根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资。但有几种情况除外，比如用人单位代扣代缴的个人所得税、应由劳动者个人负担的各项社会保险费用、法院判决裁定中要求代扣的抚养费赡养费等。如果用人单位扣除工资不属于这些法定情形，那么就是不合法的克扣工资行为。

同时，《中华人民共和国劳动法》第五十条也规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果用人单位没有合理的理由，擅自将合同约定的5000元底薪降低到4500元发放，就违反了该条法律规定。

遇到这种情况，劳动者可以先与用人单位进行沟通，要求其说明扣减工资的原因。如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动仲裁是解决劳动争议的重要途径，若劳动者对仲裁结果不满意，还可以向人民法院提起诉讼。