员工删除公司文件不承认该怎么办？

当员工删除公司文件且不承认时，公司可以通过以下合法途径来解决问题。

首先，我们需要明确员工对公司文件负有妥善保管和合理使用的义务。根据《中华人民共和国民法典》中关于合同履行和民事责任的相关规定，员工与公司之间存在劳动合同关系，员工有遵守公司规章制度、保护公司财产（包括文件等数据资料）的责任。如果员工故意删除公司文件，这可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任。

公司可以采取以下步骤：

第一，收集证据。证据是解决此类问题的关键。公司要尽快对文件删除的情况进行技术分析，比如找专业的技术人员恢复部分文件数据，查看服务器日志记录，确定文件删除的时间、操作账号等信息。这些技术证据可以有力地证明文件是被删除以及可能的删除人。同时，查看公司的监控录像，如果有涉及文件删除时间段内该员工在工作电脑前操作的画面，也能作为辅助证据。

第二，与员工沟通。在掌握一定证据后，公司可以找员工进行正式的谈话。谈话过程中，要保持冷静和理性，向员工说明公司已经掌握的证据情况，告知其删除公司文件行为可能带来的法律后果和公司的处理态度。注意谈话过程最好进行录音，以防止员工后续否认谈话内容。

第三，如果沟通无果，公司可以根据内部规章制度进行处理。前提是公司的规章制度是合法制定且已经向员工公示过的。比如，规章制度中规定了员工故意损坏公司数据等行为的处罚措施，公司可以按照规定对员工进行警告、记过、解除劳动合同等处理。

第四，如果员工的行为给公司造成了实际经济损失，公司可以通过民事诉讼要求员工进行赔偿。根据《中华人民共和国民法典》侵权责任编的规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。公司需要证明员工的删除行为与公司损失之间存在因果关系，以及具体的损失金额。损失包括但不限于文件恢复费用、因文件丢失导致的业务停滞损失、重新制作文件的成本等。

第五，若员工删除文件的行为情节严重，比如涉及商业秘密文件且造成公司重大损失，可能涉嫌侵犯商业秘密罪等刑事犯罪。公司可以向公安机关报案，由司法机关依法处理。