缺勤工资扣应发工资还是实发工资？

在探讨缺勤工资是扣应发工资还是实发工资之前，我们先来明确一下应发工资和实发工资的概念。应发工资，就是劳动者在提供了正常劳动的情况下，用人单位按照劳动合同约定的工资标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬，它包含了基本工资、奖金、津贴、补贴等所有应得的收入项目。实发工资则是劳动者实际拿到手的工资，是应发工资扣除了个人所得税、社会保险费、住房公积金等代扣代缴项目以及其他依法或依约扣除的款项之后的金额。

关于缺勤工资的扣除，从法律角度来看，通常是按照应发工资来进行扣除的。根据《关于工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这里所提到的“工资”，一般理解为应发工资。

这是因为应发工资反映了劳动者在正常出勤情况下能够获得的全部劳动报酬，以应发工资为基础扣除缺勤工资，能够更准确地体现劳动者实际提供劳动的价值。而实发工资是经过一系列扣除之后的金额，如果以实发工资为基础扣除缺勤工资，可能会导致扣除的金额不准确，无法合理反映劳动者缺勤所造成的工资减少情况。

不过，具体的扣除方式还需要依据用人单位依法制定的规章制度以及与劳动者签订的劳动合同来确定。如果用人单位的规章制度或劳动合同中明确规定了缺勤工资的扣除方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么就应当按照约定执行。例如，有些用人单位可能会规定，缺勤期间只扣除基本工资部分，而奖金、津贴等项目不受影响。只要这种约定是双方自愿达成的，并且不损害劳动者的合法权益，就是有效的。

综上所述，缺勤工资一般按照应发工资扣除，但最终还是要以合法有效的规章制度和劳动合同约定为准。如果劳动者对工资扣除情况有疑问或认为用人单位的扣除行为不合法，可以与用人单位进行沟通协商，协商不成的，可以通过劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。